Prema navodima nekih agencija Rusija koristi olupinu trajekta MS Estonia koji je 1994. godine potonuo u tragičnoj nesreći u Baltičkom moru kao bazu za tajne podvodne operacije.
MS Estonia potonula je u noći s 27. na 28. 9. 1994. putujući iz Tallinna prema Stockholmu. Bila je to jedna od najtežih pomorskih katastrofa u poslijeratnoj Europi. Na trajektu je u trenutku potonuća bilo 989 putnika i članova posade, a preživjelo ih je samo 137 (stradale su 852 osobe). Uzrok nesreće bio je kvar na pramčanom poklopcu koji se odvojio zbog jakog vjetra i visokih valova, što je omogućilo vodi da uđe u garažni prostor i prevrne brod u manje od pola sata. Većina žrtava nikada nije izvučena, a mjesto potonuća proglašeno je grobnim mjestom i zaštićeno međunarodnim sporazumom pa je na olupini zabranjeno ronjenje.
No, navodno je Rusija olupinu iskoristila kao svoju tajnu podmorsku bazu zbog njezinog položaja i zabrane ronjenja. Naime, položaj olupine u Baltičkom moru između Švedske, Finske i baltičkih država idealan je za tajno prikupljanje relevantnih obavještajnih podataka zbog okolnih morskih ruta. Rusija tamo može djelovati nesmetano jer postoji službena zabrana ronjenja, a budući da je dno Baltičkog mora pješčano, olupina je odlična da bi se na nju postavila teško primjetna špijunska oprema.
